Mengetahui adanya pasukan liar tersebut, Soekarno sempat panik.
Ia lantas meninggalkan rapat dan menyerahkan kepemimpinan rapat kepada Menteri Perguruan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan Johannes Leimena.
Bung Karno kemudian naik helikopter menuju Istana Bogor agar mendapat pengamanan yang lebih terjamin.
Sore harinya tiga orang jenderal menemui Soekarno di Istana Bogor.
Ketiganya yakni Mayjen Basoeki Rachmat, Brigjen M Jusuf, dan Brigjen Amirmachmud.
Letjen TNI M.Jusuf (kiri) dan Letjen TNI Amir Machmud, keduanya saksi dimana Supersemar ditandatangani oleh Soekarno
Disinyalir ada juga kehadiran perwira tinggi lainnya yakni Maraden Panggabean.
Soekardjo Wilardjito, ajudan Soekarno mengatakan saat itu ditodong pistol FN 46 oleh Panggabean sehingga Bung Karno dalam keadaan tertekan saat menandatangani Supersemar.
Soekardjo juga lantas mencabut pistolnya karena keselamatan presiden terancam.
Menurut Soekardjo, Soekarno tetap bersedia menandatangani Supersemar karena tak ingin ada pertumpahan darah dan berharap mandat itu akan dikembalikan padanya.