Daging yang paling sering digunakan adalah daging sapi dan ayam, tetapi ada pula yang menggunakan daging babi atau kambing.
Berbagai daerah di Indonesia memiliki soto khas daerahnya masing-masing dengan komposisi yang berbeda-beda.
Misalnya soto Madura, soto Kediri, soto Pemalang, soto Lamongan, soto Jepara, soto Semarang, soto Kudus, soto Betawi, soto Padang, soto Bandung, soto Sokaraja, soto Banjar, soto Medan, dan coto Makassar.
Soto juga diberi nama sesuai isinya, misalnya soto ayam, soto babat, atau soto kambing. Ada pula soto yang dibuat dari daging kaki sapi yang disebut dengan soto sekengkel.