Mulai 1994, ia pindah ke Bank Bali yang sekarang berubah nama menjadi Bank Permata.
Budi beberapa kali memegang sejumlah jabatan, di antaranya sebagai General Manager Electronic Banking, Chief General Manager wilayah Jakarta, dan Chief General Manager Human Resources hingga 1999.
Lalu Budi bergabung dengan ABN Amro Bank Indonesia dengan jabatan terakhir sebagai Direktur Consumer Banking hingga 2004.
Selanjutnya, ia loncat lagi ke Bank Danamon sebagai Executive Vice President Consumer Banking dan Direktur di Adira Quantum Multi Finance.
Pada 2006, Budi bergabung ke Bank Mandiri.
Sebelum menjadi Direktur Utama Bank Mandiri pada 2013, jabatannya adalah Direktur Mikro dan Retail Banking.
Setelah tak lagi menjabat Direktur Bank Mandiri, pria lulusan Teknik Nuklir Institut Teknologi Bandung (ITB) angkatan 1980 ini pernah menjadi staf khusus Menteri BUMN Rini Sumarno.
3 minggu duduki kursi Menteri Kesehatan, Budi Gunadi Sadikin mengaku lebih menikmati hidup ketika menjadi seorang Chief Executive Officer (CEO) sebuah perusahaan dibandingkan menjadi seorang menteri.
Hal tersebut diungkapkan mantan wakil menteri BUMN itu saat menjadi pembicara dalam acara 11th Kompas 100 CEO Forum pada Kamis (21/1/2021).