Ada beberapa cara mengatasi kista vagina secara medis, seperti:
- Melakukan terapi berendam menggunakan air hangat atau sitz bath yang diulang setiap beberapa kali sehari
- Mengonsumsi antibiotik jika kista pada vagina terinfeksi
- Melakukan prosedur surgical drainage yang dilakukan dengan menyayat kista dan memasang kateter selama beberapa minggu agar cairan di dalamnya bisa keluar
- Melakukan prosedur marsupialisasi yang dilakukan dengan membuka kista dan mengeluarkan cairan di dalamnya, kemudian dokter akan menjahit kulit di sekitarnya agar kista tetap terbuka dan mencegah terbentuknya bejolan baru